강과 하천은 고대 문명의 발상에 중요한 역할을 차지한다. 일본에서도 마찬가지로, 도쿄가 위치한 간토지역의 도네가와 강, 오사카의 요도가와 강과 같은 큰 강 유역에서 도시가 발달한 바 있다. 시코쿠 지역의 아름다운 시만토 강처럼 그 모습이 매우 수려한 강도 많이 있다.
또 일본에는 수많은 호수와 폭포, 연못이 있다. 닛코의 게곤 폭포, 구마노 지역의 나치 폭포가 유명하며 모두 세계문화유산에 올라있다. 이 장소들은 일본에서 영지(靈地)로서 신성시 되고 있다.
